Spolkovou zemi Bavorsko a Českou republiku pojí úzká a intenzivní spolupráce. Již více než 20 let působí na vládní úrovni česko-bavorská pracovní skupina, jejíž spektrum spolupráce zahrnuje téměř všechny oblasti politiky a veřejné správy.

Vedle ministerstev a jiných státních institucí patří k nositelům této spolupráce mnoho angažovaných aktérů na regionální a komunální úrovni. Mezi Bavorskem a Českem tak existuje více než 83 partnerství na úrovni obcí, jakožto i několik partnerství na úrovni krajů. Tato partnerství umožňují setkávání občanů na obou stranách čím dál tím propustnější hranice, a tím přispívají ke vzájemnému poznávání a porozumění mezi národy.

Zejména oba euroregiony ve východním Bavorsku jsou stabilní platformou pro přeshraniční plánování a projekty v rámci různorodé česko-bavorské výměny a spolupráce.

Obzvláště úspěšně se rozvíjí také regionální spolupráce mezi 3 bavorskými kraji, které hraničí s Českou republikou, a jejich protějšky na české straně hranic.

Česko-bavorské vztahy získaly díky vzájemným ministerským návštěvám zcela novou dynamiku. Od roku 2010 k tomu přispěli tehdejší český premiér Bohuslav Sobotka a  tehdejší bavorský ministerský předseda Horst Seehofer, kteří položili další důležité milníky vzájemných vztahů. K ohromnému zintenzivnění došlo především na politické úrovni, díky čemuž vznikla řada bilaterálních projektů.

Zejména otevření Bavorského zastoupení v Česku v prosinci 2014 je třeba vyzdvihnout jako významný úspěch v nové kapitole česko-bavorské spolupráce. Díky realizaci společné zemské výstavy o Karlu IV. v roce 2016 se podařilo prohloubit přeshraniční dialog.