Den Freistaat Bayern und die Tschechische Republik verbindet eine enge und dichte Kooperation. Seit über zwanzig Jahren gibt es eine bayerisch-tschechische Arbeitsgruppe auf Regierungsebene. Das Spektrum der Zusammenarbeit umfasst nahezu alle Felder von Politik und Verwaltung.

Neben Ministerien und anderen staatlichen Einrichtungen tragen diese Zusammenarbeit viele engagierte Akteure auf regionaler und kommunaler Ebene. So gibt es zwischen Bayern und Tschechien Landkreispartnerschaften und über 80 Gemeindepartnerschaften von Kommunen. Sie dienen der Begegnung von Bürgerinnen und Bürgern beiderseits der immer durchlässigeren Grenze und damit dem gegenseitigen Verständnis und der Völkerverständigung.

Vor allem die beiden in Ostbayern tätigen Euregiones sind als Anlaufstelle für grenzüberschreitende Planungen und Projekte eine feste Größe im vielgestaltigen Geflecht der bayerisch-tschechischen Beziehungen.
Besonders erfolgreich sind auch die Regionalkooperationen zwischen den drei bayerischen Regierungsbezirken an der tschechischen Grenze mit ihren tschechischen Nachbarbezirken.

Die bayerisch-tschechischen Beziehungen erlebten durch gegenseitige Ministerbesuche eine neue Dynamik. Der damalige tschechische Premierminister Bohuslav Sobotka und der damalige Bayerische Ministerpräsident Horst Seehofer haben dazu seit dem Jahr 2010 wichtige Meilensteine beigetragen. Besonders die politische Ebene der bayerisch-tschechischen Beziehungen erfuhr eine enorme Intensivierung, wodurch bereits mehrere bilaterale Projekte entstanden sind.

Die Eröffnung einer eigenen bayerischen Repräsentanz in Tschechien im Dezember 2014 ist als Erfolg im neuen Kapitel der bayerisch-tschechischen Zusammenarbeit hervorzuheben. Im Jahr 2016 wurde eine gemeinsame Landesausstellung zu Karl IV. realisiert, wodurch eine nachhaltige Vertiefung des grenzüberschreitenden Austausches gelangt.